El área de pastoral institucional en su propuesta pretende  potenciar en los niños, niñas, adolescentes, jóvenes, familias y empleados, los valores cristianos – Amigonianos, a partir del anuncio kerigmático de la Buena Nueva de Jesucristo. Además orientarlos a partir de la Fe en el verdadero sentido de la vida hacia su proyección de  futuro y su fin último que es la autorrealización personal y la búsqueda de su felicidad como hijos de Dios; por tanto es  resaltar la  importancia que se tiene este procedimiento  en el contexto de la Escuela de Trabajo San José, ya que permite fomentar y acompañar el crecimiento espiritual, humano y cristiano de la comunidad educativa, identificados con el carisma Amigoniano como fuente inspiracional fortaleciendo de forma continua la experiencia de fe.

Para alcanzar los objetivos propuestos se sugiere una participación activa en cada una de las propuestas:      Comunidades de fe, JUVAM y Cooperadores Amigonianos, Evangelización, Catequesis, Educación Religiosa Escolar, Identidad y Carisma Amigoniano, Celebraciones Eclesiales y Congregacionales, Eucaristías, Pascua Juvenil, Celebración de la navidad, Palabra de vida entre otras.

La vida espiritual se alimenta con el fortalecimiento permanente de la fe y el área de pastoral acompañada y direccionada por la comunidad de Religiosos Terciarios Capuchinos aporta al logro de estos compromisos misionales aportando desde este carisma al logro de la misión de la iglesia católica en el mundo.